Budynek Muzeum AK zlokalizowany jest przy ulicy Wita Stwosza 12. Można do niego dotrzeć pojazdami komunikacji miejskiej. W okolicy znajdują się przystanki:

- "Muzeum Armii Krajowej" zlokalizowany jest ok. 40 metrów od budynku. Zatrzymuje się na nim linia nr 537;
- "Dworzec Główny Tunel" zlokalizowany jest pod dworcem kolejowym, ok. 500 metrów od budynku. Obsługują go linie: 5, 17, 19, 50;
- "Dworzec Główny Wschód" zlokalizowany jest ok. 400 metrów od budynku. Obsługują go linie: 182, 189, 192, 482, 537;
- przystanek autobusowy "Cmentarz Rakowicki Zachód" zlokalizowany jest ok. 400 metrów od budynku. Obsługują go linie: 105, 129, 132, 139, 159, 169, 199, 405, 469.

Aktualny rozkład jazdy znajduje się pod adresem: http://rozklady.mpk.krakow.pl/

Około 400 metrów od siedziby Muzeum AK znajduje się dworzec autobusowy MDA oraz stacja kolejowa Kraków Główny.

Muzeum nie posiada własnego parkingu. Przy Muzeum znajduje się prywatny płatny parking, można też skorzystać z parkingu w pobliskiej Galerii Krakowskiej.