Kolekcja Bieżanowska
Zawartość skrytki na broń kompanii "Łan" batalionu "Mrówka" 12 pp AK, Kraków-Bieżanów, przekazana FMHAK, a następnie Muzeum AK w 2000 r.
Kolekcja Fundacji Historii Muzeum AK
Zbiór różnorodnych muzealiów i archiwaliów, będący efektem działalności kombatantów - byłych żołnierzy Armii Krajowej, którzy w l. 90. ubiegłego wieku zaczęli pozyskiwać i gromadzić archiwalia i pamiątki związane z osobami walczącymi w Armii Krajowej oraz tematyką Polskiego Państwa Podziemnego.
Kolekcja Kanadyjska
Zbiory zamieszkałego po wojnie w Kanadzie dr. Stanisława Wcisły, którego doświadczenia z czasów wojny, miały wpływ na jego późniejsze zainteresowania kolekcjonerskie.
Kolekcja guzików
Na ekspozycji stałej prezentowanych jest 514 eksponatów pochodzących ze zbiorów Stanisława Filusa ale nie tylko. Ogólna ilość guzików w posiadaniu Muzeum to ok. 1200 szt.
Kolekcja Związku Kadetów II RP
Zbiory gromadzone w Izbie Pamięci przy Kościele Garnizonowym pw. Św. Agnieszki w Krakowie przez Związek Kadetów II Rzeczypospolitej Polskiej - Żołnierzy Armii Krajowej Klub Regionalny w Krakowie.
Kolekcja fotografii Karola Bieniaka
Zdjęcia Karola Bieniaka rejestrujące życie codzienne i służbę polskich żołnierzy stacjonujących w Szkocji.
Spuścizna gen. Bolesława Nieczui-Ostrowskiego
Przekazane Muzeum Armii Krajowej zbiory rodziny gen. B. Nieczui-Ostrowskiego dowódcy Inspektoratu ZWZ-AK Miechów "Maria" oraz 106 Dywizji Piechoty Armii Krajowej.
Lista kolekcji
