Stała ekspozycja Muzeum AK jest poświęcona Polskiemu Państwu Podziemnemu i jego sile zbrojnej - Armii Krajowej. Została ona otwarta 27 września 2012 r. Ideą wystawy jest przedstawienie całościowego obrazu polskiego podziemia czasów wojny, wraz z jego duchową genezą obejmującą Polskę międzywojenną oraz kształtem dziedzictwa patriotycznego we współczesnej Polsce.

Ekspozycja powstała w ramach współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej projektu "Rewaloryzacja i adaptacja budynku przy ul. Wita Stwosza 12 w Krakowie dla potrzeb Muzeum Armii Krajowej".

Misją ekspozycji jest ukazanie życia narodu, który pod okupacją niemiecką i sowiecką kontynuował byt państwowy w postaci Polskiego Państwa Podziemnego, fenomenu Armii Krajowej oraz osobistego wymiaru wojny poprzez losy poszczególnych osób ze szczególnym uwzględnieniem żołnierzy AK, ich postaw, motywacji i działań.

Wystawa prezentowana jest na dwóch piętrach Muzeum. Na parterze zwiedzający ma możliwość zapoznać się z historią II RP, sytuacją geopolityczną w przededniu II wojny światowej czy też historią kampanii obronnej w 1939 roku. W dalszej części prezentujemy np. dzieje okupacji i warunki życia codziennego w ogarniętym wojną kraju.

Na poziomie -1, tj. w piwnicach zabytkowego budynku, zwiedzający zapoznają się z historią Polskiego Państwa Podziemnego. Wybrane sale na wystawie podejmują najważniejsze tematy związane z ruchem oporu i jego działalnością. Można tam poznać m.in. zagadnienia dotyczące sabotażu i dywersji, wywiadu oraz działalności informacyjnej Armii Krajowej.

Na ekspozycji prezentowanych jest kilka tysięcy unikatowych obiektów, w tym m.in.: karty raportu Witolda Pileckiego, mundur dowódcy AK gen. T. Bora-Komorowskiego, praca Tadeusza Kantora pt. "Klęska wrześniowa" oraz liczne pamiątki po patronie Muzeum - gen. Emilu Fieldorfie "Nilu" (odznaczenia, dokumenty, fotografie rodzinne oraz... młynek do kawy).

Do dyspozycji zwiedzających pozostają również repliki i makiety (czołg Vickers E, rakieta V2, wnętrze samolotu Halifax) oraz obiekty przeznaczone dla osób z dysfunkcjami (mundury, mapa konturowa w formie puzzli).

Całość ekspozycji jest pozbawiona barier architektonicznych.