Pomysłodawcami idei powstania Muzeum byli dawni żołnierze Polskiego Państwa Podziemnego. Krakowscy kombatanci ze Związku Żołnierzy Armii Krajowej po 1989 r. podjęli działania zmierzające do stworzenia pierwszego w kraju Muzeum Historii AK. Podstawą ekspozycji muzealnej miały być pamiątki i rzeczy osobiste zachowane przez kombatantów, pochodzące z okresu II wojny światowej i wcześniejszego, lecz dotychczas ukrywane w związku z porządkiem politycznym, w jakim po roku 1945 znalazła się Polska.

W tym celu inicjatorzy placówki wystąpili z apelem do kolegów o gromadzenie dokumentów i pamiątek z lat wojny, które mogłyby dać początek ekspozycji Muzeum. Kierując się potrzebą serca byli żołnierze AK zaczęli przekazywać przechowywane w prywatnych archiwach osobiste pamiątki, dokumenty i broń.

12 lutego 1990 r. członkowie ówczesnego Związku Żołnierzy AK w Krakowie weszli do Muzeum Lenina w Pałacu Mańkowskich przy ul. Topolowej 5, a następnie wynieśli do pomieszczeń magazynowych wielką statuę Lenina i eksponaty związane z wodzem rewolucji. Niedługo później, w kwietniu tego samego roku, otwarta tam została nowa ekspozycja "Nasza droga do Niepodległości".

Wystawa stworzona została ze zbiorów osobistych i prywatnych żołnierzy Armii Krajowej i innych organizacji niepodległościowych i antykomunistycznych z okresu 1939-1956, we współpracy z Fundacją im. Tadeusza Kościuszki, która udostępniła swoje zbiory. Do przełomu 1991 i 1992 r. obejrzało ją około 30 000 osób i cieszyła się ogromnym zainteresowaniem gości z kraju i zagranicy. Grupa żołnierzy Armii Krajowej - organizatorów wystawy - prowadziła ją własnym sumptem i zaangażowaniem bez żadnej pomocy materialnej z zewnątrz.

Na początku 1992 r. ówczesna nieformalna siedziba Związku Żołnierzy AK - Pałac Mańkowskich - w drodze reprywatyzacji została oddana właścicielom. Zapadła wtedy decyzja o przeniesieniu wystawy do budynku powojskowego przy ul. Bosackiej 13 (obecnie ul. Wita Stwosza 12). Stało się tak dzięki życzliwości dowództwa Jednostki Wojskowej 1820 w Krakowie, której podlegał budynek - jeden z dawnych obiektów austriackiej Twierdzy Kraków.

Jednocześnie na drodze formalizacji działań kombatantów zapadła decyzja, o powołaniu Fundacji Muzeum Historii Armii Krajowej, która objęła opieką wszystkie zbiory i pamiątki. 16 maja 1992 r. w nowej siedzibie przy ul. Bosackiej 13 nastąpiło oficjalne otwarcie Muzeum Historii AK. Natomiast 8 marca 1993 r. Fundacja Muzeum Historii AK uzyskała zgodę na prowadzenie statutowej działalności w obiektach będących własnością Wojska Polskiego (Skarbu Państwa) przy ul. Bosackiej. Jej siedzibą stal się wspomniany budynek nr 4 wzniesiony w 1911 r. w kompleksie magazynowo-gospodarczym Twierdzy Kraków, na zapleczu dworca głównego kolei.

Ostatnim krokiem na drodze powstania instytucji pod nazwą Muzeum Armii Krajowej w Krakowie stała się uchwała Miasta Krakowa i Województwa Małopolskiego z 21 lutego 2000 r. Powołana ona naszą placówkę jako jednostkę samorządową prowadzoną przez dwa organy - władze miasta i województwa. Za jej misję uznano gromadzenie, opracowywanie i udostępnianie zbiorów i pamiątek po żołnierzach AK, prowadzenie badań naukowych oraz upowszechnianie wiedzy o tej historycznej formacji wojskowej. 29 czerwca 2000 r. wraz z wpisem do gminnego rejestru instytucji kultury Muzeum uzyskało osobowość prawną.

Po zatwierdzeniu statutu przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz wpisie do rejestru, w rocznicę powstania Polskiego Państwa Podziemnego 27 września 2000 r. Muzeum Armii Krajowej oficjalnie zainaugurowało działalność, a na mocy uchwały Rady Miasta Krakowa z września 2001 r. uzyskało patrona w osobie gen. Emila Augusta Fieldorfa "Nila".

Swoją dzisiejszą formę i wygląd gmach Muzeum zawdzięcza ogłoszonemu i rozstrzygniętemu w 2005 r. międzynarodowemu konkursowi architektonicznemu. Zwyciężyło w nim biuro Air Jurkowscy - Architekci z Katowic.

W 2011 r. zakończyły się prace przy modernizacji architektonicznej i adaptacji przestrzeni budynku na potrzeby ekspozycji i gromadzenia zbiorów. Wykorzystano przy nich środki unijne (MRPO na lata 2007-2013) i samorządowe w kwocie około 30 mln zł. W efekcie rewaloryzacji i adaptacji powierzchnia budynku zwiększyła się z dotychczasowych 1300 m2 do 6500 m2, a kubatura nowoczesnego gmachu wynosi ok. 25 000 m3. Przygotowana przez konsorcjum Deko-Bau i Centrum Techniki Antywłamaniowej wystawa stała w nowej przestrzeni została uroczyście otwarta 27 września 2012 r.

Pierwszym dyrektorem Muzeum Armii Krajowej 16 czerwca 2000 r. mianowany został Adam Rąpalski.

**********

Historia budynku Muzeum Armii Krajowej

Muzeum mieści się w dawnym budynku aprowizacyjnym austriackiej c.k. Twierdzy Kraków przy ul. Wita Stwosza 12. Został przekazany do użytku w 1911 r. jako obiekt nr 4. Był częścią dużego kompleksu aprowizacyjnego (tzw. Verpflegs Etablissement) wzniesionego pierwotnie w latach 1884-1887 pomiędzy dworcem kolejowym a ul. Rakowicką, a następnie rozbudowanego w latach 1892-1915. Składały się na niego m.in. młyn, piekarnia (nr 12), fabryka konserw (nr 10), wytwórnia marmolady, chłodnia, lodownia oraz magazyny żywnościowe (nr 4, 7, 8, 13).

Tuż obok, na terenie ciągnącym się w stronę cmentarza Rakowickiego, w latach 1889-1892 wybudowano zespół logistyczny artylerii (tzw. Artillerie-Zeugs-Depot, nazywany też Zbrojownią). Znalazły się w nim m.in. warsztaty naprawcze artylerii i sprzętu technicznego, magazyny broni, kuźnie i budynki administracyjne. Pracowało w nim 1500 osób. Tuż przed wybuchem wojny krakowski zespół magazynowo-warsztatowy między ul. Bosacką i Rakowicką należał do największych tego typu obiektów w monarchii.

Budynek nr 4 (dziś zajmowany przez Muzeum) był piętrowy. Jego naziemna, dwukondygnacyjna część pełniła funkcję koszar. Mieściła kwatery dla żołnierzy i oficerów stanowiących obsługę zaplecza gospodarczo-magazynowego. W trzeciej, podziemnej kondygnacji, znajdowały się rozległe piwnice. Ich kubatura razem z korytarzami znacznie przewyższała kondygnacje naziemne budynku.

Wysokie pomieszczenia piwniczne przykryte były żelbetowym stropem żebrowym, a ich ściany, posadzki i sufity wyłożono korkiem. Miało to zapewnić właściwe warunki (przede wszystkim temperaturowe) do przechowywania żywności, m.in. zboża, mąki, kaszy, ryżu, jarzyn, pasz, ziemniaków, konserw, cukru, wina, rumu. Znajdowała się tam także cysterna na wodę. Oświetlone elektrycznie korytarze prowadziły w kierunku rampy kolejowej znajdującej się w pobliżu budynku. Tory łączyły kompleks magazynowy z krakowskimi dworcami: głównym i towarowym. Do początku lat 90. XX w. piwnice budynku nr 4 zachowały doskonałe zabezpieczenie przed wilgocią oraz działającą wentylację mechaniczną i grawitacyjną.

Zaplecze logistyczne Twierdzy Kraków - w tym budynek nr 4 - zostało 31 października 1918 r. przejęte przez polskich konspiratorów. Zgromadzone w nim zapasy żywności przeznaczono na potrzeby mieszkańców miasta, co zapobiegło głodowi i niepokojom społecznym w wyzwolonym od zaborcy Krakowie.

Kompleks magazynowo-warsztatowy wykorzystywany był przez Wojsko Polskie (podczas okupacji przez Wehrmacht) do początku lat 90., a teren pozostawał własnością wojska (Agencji Mienia Wojskowego) aż do lat 2000. W tym okresie zaczęła się jego degradacja, a następnie zabudowywanie przez inwestorów. W 2007 r. budynki nr 4, 10 i 12 zostały wpisane do rejestru zabytków.

W 1992 r. obiekt nr 4 przy ówczesnej ul. Bosackiej 13 stał się siedzibą powołanego przez krakowskich kombatantów Muzeum Historii Armii Krajowej. Budynek został udostępniony dzięki życzliwości dowództwa Jednostki Wojskowej 1820 w Krakowie. 16 maja tego roku odbyło się w nim oficjalne otwarcie placówki.

W latach 1997-1998 w gmachu przeprowadzono prace remontowe wykonane przez krakowską Naftobudowę. Pozwoliły one na częściową adaptację budynku dla potrzeb muzealnych (644 m2 w kondygnacjach naziemnych). W 1999 r. przystąpiono do ewidencjonowania zbiorów i prac związanych z przygotowaniem nowej ekspozycji czasowej.

Wspomniana częściowa adaptacja była jednak tylko połowicznym rozwiązaniem. Ogłoszono więc rozstrzygnięty w 2005 r. międzynarodowy konkurs architektoniczny na całościową modernizację i adaptację obiektu na potrzeby muzeum. Spośród czterech nadesłanych prac za najlepszą uznano propozycję autorstwa katowickiego biura AiR Jurkowscy - Architekci.

Prace budowlane zakończyły się w 2011 r. Dzięki nim powierzchnia budynku zwiększyła się z 1300 m2 do 6500 m2, gmach został odnowiony i zmodernizowany oraz przystosowany do przyjęcia nowoczesnej wystawy stałej. Dawne koszary nr 4 stały się przykładem udanej adaptacji historycznego budynku do nowych potrzeb, przy zachowaniu szacunku dla jego substancji. Zostało to docenione: modernizacja gmachu Muzeum AK zdobyła wyróżnienie w plebiscycie Nagroda SARP za rok 2011 oraz nagrodę Brick Award Polska w 2013 r. W 2013 budynek był też nominowany do prestiżowej europejskiej nagrody architektonicznej im. Miesa van der Rohe.