Jako najważniejszy człowiek w Polskim Podziemiu Rowecki nie chciał zgodzić się na ochronę osobistą wywiadu AK, ograniczając ją jedynie do spotkań służbowych. Uważał, że ma większe szanse uniknąć aresztowania, poprzez swoiste wtopienie się w tłum mieszkańców Warszawy. W tym celu zmienił mocno swój wygląd i poruszał się z kenkartą poświadczającą pracę w niemieckiej administracji. Zdrada przyszła jednak z najmniej spodziewanej strony, w szeregach wywiadu AK funkcjonowała siatka szpiegów Gestapo, w skład której wchodzili: Eugeniusz Świerczewski, Ludwik Kalkstein oraz jego żona Blanka Kaczorowska. 30 czerwca 1943 r. o godzinie 9.30 Stefan Rowecki został zadenuncjowany oraz aresztowany w mieszkaniu przy ul. Spiskiej 14 m. 10, które było lokalem konspiracyjnym. Jak po latach wspominała jego córka Irena, ojciec nie lubił tego lokalu, ponieważ prowadziło z niego tylko jedno wyjście. Jeszcze tego samego dnia "Grot" został przewieziony do Berlina, gdzie odrzucił niemiecką propozycję współpracy. Osadzono go jako więźnia honorowo w obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen. Okoliczności śmierci Stefana "Grota" Roweckiego, nie są pewne - został on zamordowany z rozkazu Henricha Himmlera w konsekwencji wiadomości o wybuchu powstania warszawskiego między 2 a 7 sierpnia 1944 r.